始めまして。管理人です。コメントいただきありがとうございます。

結局のところ、ドメインだろうがサブドメインだろうが、「ドメイン」として運用することと名前解決を行うためにはどこかでドメインを運用しなければなりません。

その運用はWEBKEEPERSが提供しているサービス（システム > ドメイン管理 > すべてのマイドメイン > ）の機能を利用しても、独自でDNSサーバを構築してそちらで運用しても、はたまたお名前.com、ValueDomainのようなドメイン管理業者が提供しているサービスでもやることは変わりません。問題はどこで管理させるかです。

VPSを利用するときには必ずドメイン（サブドメインも含む）を設定し、利用できるようにしておかなければならないのはほかのVPS事業者でも同じでしょうし、VPSサーバに限った話でもありません。専用サーバでも同様なことをやらなければなりません。

なので、田中様のおっしゃることの気持ちは十分に分かるのですが、それではVPSサーバの運用が出来なくなってしまいます。
サブドメインを含むドメインと言われるものはどこかでちゃんと設定しておかなければならない、そう思っていただくほか解決策は無いでしょう。

私はWEBKEEPERSが提供しているDNSサーバに、私が取得しているドメインを管理させています。一応、それが一番簡単なので。

今回のお話はWEBKEEPRSどころかLinuxがどうのこうのという話ではありません。ドメインを持ち、サーバとして運用するには避けて通れない話です。

慣れてもらうほかない話なんだと思います。

コントロールパネルへの追加の手間を省く方法として考えられますのはお客様にて独自にDNSサーバーを構築されそちらをご利用いただく、もしくは弊社より無料で提供させて頂いておりますDNSサーバー以外のものをご利用いただく事で、コントロールパネルへの追加の必要はございません。

なんのこっちゃやら？？独自にDNSサーバーを構築されそちらをご利用いただくとはどのようにすればいいのか分かりません。
こちらの方はサーバーに詳しそうなので書き込みした次第です。
こちらでサブドメインの自動化について取り上げていただけると幸いです。
ときどきサーバーダウンもあり、そしてpleskのアクセスの遅いことといったらストレスの段々畑です。
yumとはなんなのだろうとこちらを参考に挑戦してみたいと思います。